Coronavirus: le vaccin diminue fortement le risque d’être contagieux

Quand une personne est testée positive au coronavirus, suite à un test PCR, on ignore qu’elle est sa charge virale. Ces tests ne peuvent en effet que détecter la présence d’ARN viral, mais n’indiquent pas si le virus est toujours intact et capable de se propager. Or théoriquement, plus la charge virale est élevée, plus une personne contaminée risque d’en infecter d’autres. Une équipe de l’Université de Genève (UNIGE) et des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) vient d’apporter de précieux renseignements sur l’influence du variant et de la vaccination sur cette charge virale.

Elle a en effet pu analyser des prélèvements effectués depuis le début de la pandémie dans le centre de dépistage des HUG et qui sont conservés à des fins de recherche, avec l’autorisation des personnes concernées. «Nous avons ainsi mesuré la charge virale de 3 cohortes de patients pendant les 5 premiers jours suivant l’apparition de leurs symptômes afin de comparer la charge virale engendrée par le virus originel (118 personnes, printemps 2020), le variant Delta (293 personnes, automne 2021) et le variant Omicron BA.1 (154 personnes, hiver 2021-2022), explique Benjamin Meyer, chercheur au Centre de vaccinologie du Département de pathologie et immunologie de la Faculté de médecine. Pour les deux dernières cohortes, nous avons également examiné si une différence notable pouvait être détectée entre les personnes vaccinées et non vaccinées». Le vaccin n’était en effet pas disponible pour le virus originel, au printemps 2020.

Résultat: la charge virale infectieuse provoquée par Delta était bien plus élevée que celle due au variant originel. Mais les personnes infectées par Delta qui avaient reçu deux doses de vaccin avaient une charge virale bien plus faible que les non vaccinées touchées par ce même variant.

Pour Omicron, il y a eu une surprise: «Contrairement à ce que l’on peut supposer compte tenu de sa propagation rapide, la charge virale infectieuse était globalement inférieure à celle de la cohorte Delta», souligne Isabella Eckerle, professeure au Département de médecine de la Faculté de médecine de l’UNIGE et responsable du Centre des maladies virales émergentes HUG-UNIGE, qui a dirigé ces travaux parus dans «Nature Medecine». De plus, les personnes contaminées par Omicron ayant reçu deux doses de vaccin n’avaient à cet égard aucun bénéfice par rapport aux personnes non vaccinées. Il a fallu attendre la troisième dose, le rappel, pour constater une baisse de leur charge virale.

«Cela est cohérent d’un point de vue immunologique: de nombreux vaccins nécessitent trois doses espacées de plusieurs mois pour induire une réponse immunitaire durable, par exemple celui contre l’hépatite B.» précise Isabella Eckerle.

Mais les chercheurs ne s’expliquent en revanche toujours pas pourquoi Omicron est plus contagieux avec une charge virale plus faible que les autres variants. «Nos données suggèrent que d’autres mécanismes infectieux sont en jeu», détaille Pauline Vetter, cheffe de clinique au Centre des maladies émergentes HUG-UNIGE. «Il est maintenant clair que les mutations d’Omicron le différencient fortement des autres variants, ce qui lui permet d’échapper en partie au vaccin, et diminue l’efficacité de certains traitements antiviraux utilisés jusqu’ici.»

Reste que la vaccination s’est néanmoins avérée utile pour limiter la survenue de symptômes graves de même que, très probablement, la transmission du virus. Dans les pays où la population, surtout âgée, est peu vaccinée, Omicron s’est avéré tout aussi mortel, soulignent les chercheurs.

Cette étude montre que la nature du variant influe considérablement sur la charge virale et sur l’efficacité des traitements et qu’il faut donc soigneusement analyser les conséquences de l’apparition de chaque nouveau variant. «Au vu de nos résultats, la plus grande prudence devrait être de mise face à un virus dont on ne comprend pas toutes les évolutions et contre lequel les traitements actuellement disponibles perdent de leur efficacité», concluent les auteurs.